Lahden seurakuntayhtymän ylintä päätösvaltaa käyttää yhteinen kirkkovaltuusto.

Yhteisen kirkkovaltuuston tärkeimpiä käsiteltäviä asioita ovat yhteisen strategian ja toiminnan painopisteiden linjaaminen, toiminta- ja taloussuunnitelman vahvistaminen toimintavuodeksi kerrallaan ja toimintakertomuksen sekä tilinpäätöksen vahvistaminen kuluneelta vuodelta. Lisäksi yhteinen kirkkovaltuusto päättää eräistä lainsäädännössä sille yksinoikeudella kuuluvista asioista, esimerkiksi kiinteistöjen myynnistä ja uusien virkojen perustamisesta.

Yhteinen kirkkovaltuusto kokoontuu keskimäärin 4 kertaa vuodessa. Se käsittelee asioita yhteisen kirkkoneuvoston valmistelun ja esityksen perusteella. Kirkkovaltuuston kokouksessa puhetta johtaa valtuutettujen keskuudestaan valitsema puheenjohtaja. Puheenjohtaja valitaan vuoron perään kunkin paikallisseurakunnan edustajista.